《企业所得税法》规定，企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。因此，企业从政府处获得搬迁补偿款，无论是货币资金还是非货币资金，从性质和根源上均构成税收上的收入。企业在纳税申报时，应按税收规定进行税务处理。考虑到企业取得搬迁补偿款将用于弥补搬迁损失和支付重建成本，为减轻企业税收资金占用负担，对将搬迁补偿款确实用于安排搬迁成本的，国家税务总局下发了《关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函[2009]118号），按企业是否有搬迁规划，明确了具体的税务处理方法：
　　一是企业没有重置固定资产（用企业搬迁补偿款购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权），或没有改良固定资产、技术改造或没有购置其他固定资产的计划或立项报告，企业应以搬迁补偿款加上各类拆迁固定资产的变卖收入、减除各类拆迁固定资产的折余价值和处置费用，将其余额计入企业当年应纳税所得额。
　　二是企业有相应的搬迁规划，根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务，重置固定资产，或对其他固定资产进行改良，或进行技术改造，或安置职工的，对取得的搬迁补偿款，准予扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出，其余额计入企业应纳税所得额。考虑到企业搬迁的阶段性需要，税收上制定了企业可以推迟（递延）确认收入的优惠政策。
　　为约束企业确实将搬迁补偿款用于再生产，税收对企业搬迁补偿款推迟确认收入在时间上作了限制性规定。即企业从规划搬迁次年起的五年内，搬迁补偿款暂不计入应纳税所得额；在五年期内完成搬迁的，搬迁补偿款余额应并入完成搬迁当年的应纳税所得额，计算缴纳企业所得税。五年期满后，如果企业仍未完成搬迁，即使在搬迁规划确定的计划内，在规划搬迁次年起的第六年，也要将搬迁补偿款余额并入当年应纳税所得额，按规定纳税。